Istnieje wiele kontrowersji związanych z badaniem pochodzenia ptaków. Początkowo niezgodności dotyczyły tego, oznacza to ptaki ewoluowały z dinozaurów, lub otwarcie z z większym natężeniem prymitywnych archozaurów. Zwolennicy pochodzenia od czasu dinozaurów byli niezgodni co do tego, oznacza to z większym natężeniem prawdopodobnymi przodkami poprzedni dinozaury ptasiomiedniczne (Ornithischia) to znaczy teropody[19]. Mimo, że dinozaury ptasiomiedniczne mają budowę miednicy identyczną jako ptaki nowoczesne, sugeruje się, że ptaki pochodzą od czasu dinozaurów gadziomiednicznych, tudzież konstrukcja ich miednicy wykształciła się niezależnie[20]. Faktem jest, że podobna do ptasiej konstrukcja miednicy wykształciła się po razu jednego trzecia część wśród specyficznej grupy teropodów, zwanych Therizinosauridae.
Naukowcy Larry Martin plus Alan Feduccia utrzymywali, że ptaki nie są dinozaurami, jednakowoż że ewoluowały z wczesnych archozaurów, takich w charakterze Longisquama. W większości swych publikacji argumentowali, że podobieństwa wśród ptakami tudzież maniraptorami uprzedni zbieżne również że ptaki także maniraptory nie są ze sobą spokrewnione. Kiedy przy krańcowość lat 90. XX w. dowody na to, że ptaki pochodzą od chwili maniraptorów, trwały się nieomal bezdyskusyjne, Martin dodatkowo Feduccia przyjęli hipotezę Gregory'ego S. Paul'ego. W niej maniraptory są wtórnie nielotnymi przodkami ptaków[21]. Martin plus Feduccia zmodyfikowali ją w środku wersję, że ptaki ewoluowały wprost z Longisquama dodatkowo wskutek tego nie są dinozaurami, w ten sposób w charakterze większość gatunków klasyfikowanych współcześnie w charakterze teropody. Zgodnie z tym maniraptory są nielotnymi archozaurami[22]. Ta hipoteza jest jednakże kwestionowana na wskroś większość paleontologów[23]. Cechy maniraptorów, które na rzecz Martina plus Feduccia są dowodami na niezdolność do lotu, są interpretowane wskroś innych znanych paleontologów jak preadaptacje, które maniraptory odziedziczyły po wspólnych z ptakami przodkach.
Na podstawie wykopalisk został opisany do wnętrza 1991 r. natura Protoavis texensis, interpretowany jak korzeń ojciec od momentu Archaeopteryx. Krytycy wskazują jednak, że skamieniałość ta jest słabo zachowana plus w środku znacznym stopniu zrekonstruowana, w środku dodatku prawdopodobnie egzystować chimerą, to znaczy skamieliną powstałą ze skamieniałych szczątków kilku rodzajów zwierząt, traktowanych niepoprawnie jak jeden osobnik. Puszka mózgowa jest podobna do ogromnie wczesnego celurozaura[24].