Kopalny tworzywo wykazujący plus intensywne analizy biologiczne pokazują bez wątpienia, że ptaki należą do teropodów. Dokładniej, są one członkami grupy maniraptorów[11]. W miarę jako naukowcy odkrywali więcej nielotnych terapodów, które są tuż tuż spokrewnione z ptakami, pierwotnie wyraźna płot między nieptakami dodatkowo ptakami zaczęła się zacierać. Niedawne odkrycia do wnętrza prowincji Liaoning, w środku północno-wschodnich Chinach, potęgują niejasności: wiele odkrytych w tym miejscu skamieniałości małych teropodów miało pióra[12].
Współczesni paleontolodzy zakładają, że Aves są najbliżej spokrewnione z deinonychozaurami, do wnętrza zbiór których wchodzą dromeozaury plus troodony. Razem te trzy formy tworzą grupę zwaną Paraves (para-ptaki). Prymitywny dromeozaur Mikroraptor posiadał cechy, które mogły dać możliwość mu szybowanie to znaczy latanie. Najbardziej prymitywne deinonychozaury wcześniejszy niezmiernie małe, np. Jinfengopteryx. To pozwala przypuszczać, że przodek wszystkich Paraves mógł istnieć nadrzewny i/lub mógł szybować[13][14].
Późnojurajski Archaeopteryx jest porządnie znany w charakterze jedna z pierwszych znalezionych skamieniałości przewodnich, która stanowiła poplecznictwo na rzecz teorii ewolucji poniżej mat XIX w. Archaeopteryx posiadał charakterystyczne na rzecz gadów cechy: zęby, palce z pazurami również długi, jaszczuropodobny ogon, przecież wyśmienicie zachowane skrzydła miały lotki identyczne, jako u nowoczesnych ptaków. Nie jest uważany zbytnio bezpośredniego przodka ptaków nowoczesnych, jednakże jest najstarszym oraz w najwyższym stopniu prymitywnym członkiem Aves innymi słowy Avialae dodatkowo jest przypuszczalnie prawie że spokrewniony z prawdziwym przodkiem ptaków żyjących dzisiaj. Pojawiały się chociażby sugestie, że Archaeopteryx jest zwierzęciem mniej spokrewnionym z ptakami, niż z innymi grupami dinozaurów[15] również że Avimimus wydaje się istnieć z większym natężeniem prawdopodobnym ogniwem linii ewolucyjnej pośród mikroraptorami także ptakami nowoczesnymi, niż Archaeopteryx[16].
Poniżej ksylem filogenetyczne od chwili maniraptorów do ptaków (Aves) według Norella oraz in. (2006)[17]; nazwy kladów oparte o definicje podane przez: Sereno (2005)[18].
| Maniraptora |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||