Pierwsza posegregowanie ptaków została stworzona wewnątrz 1676 r. wskroś Francisa Willughby'ego oraz Johna Raya wewnątrz tomie Ornithologiae[2]. Karol Linneusz zmodyfikował tę pracę w środku 1758 r. tworząc uporządkowanie klasyfikacji taksonomicznej będący współcześnie do wnętrza użyciu (zrewidowany oraz zmodernizowany). W taksonomii Linneusza ptaki zostały sklasyfikowane na wskroś niego w charakterze ławica Aves, z jęz. łacińskiego: avis – "ptak"[3]. Taksonomia filogenetyczna umieszcza ptaki wewnątrz obrębie dinozaurów z kladu teropodów[4]. Aves również siostrzana zgrupowanie klad krokodyli są jedynymi żyjącymi przedstawicielami kladu gadów naczelnych. Filogenetycznie Aves są zwyczajowo definiowane jak wszyscy potomkowie ostatniego wspólnego przodka ptaków nowoczesnych – którego rodzaj nie jest znany z wykopalisk – również prócz tego praptak (Archaeopteryx lithographica)[5]. Archaeopteryx z okresu późnego tytonu (jura późna – naokoło 147 milionów lat temu[6]) jest najstarszym znanym ptakiem mieszczącym się wewnątrz tej definicji. Inni, wliczając Jacques'a Gauthiera także zwolenników systemu filokodowego, definiują Aves, zaliczając do nich ostatkiem sił nowoczesne grupy ptaków, i wyłączając większość grup znanych zaledwie ze skamieniałości dodatkowo przypisując te do kladu Avialae, ażeby zniknąć niejasności dotyczących umieszczenia Archaeopteryx do wnętrza stosunku do zwierząt tradycyjnie uważanych zbyt teropody[7].
Wszystkie ptaki nowoczesne są umieszczone do wnętrza podgromadzie Neornithes, która dzieli się na dwójka nadrzędy: paleognatyczne (Paleognathae) zawierające w zasadzie strusiopodobne ptaki nielotne, dodatkowo neognatyczne (Neognathae) – rozległy nadrząd zawierający wszystkie pozostałe ptaki[8]. W układy od czasu przyjętego podziału taksonomicznego, wartość znanych, żyjących gatunków ptaków waha się od chwili 9 800[9] do 10 050[10].
| Okres istnienia Ptaki ◄ mln lat temu | ||||||||||||
| Prekambr ◄ 4,6 mld | Kambr 542 | Ordowik 488 | Sylur 444 | Dewon 416 | Karbon 359 | Perm 299 | Trias 251 | Jura 200 | Kreda 145 | PaleoG. 65 | NG 23 | Cz 2 |